Mikroorganisme di dalam tanah sangat mempengaruhi kesuburan dan kesehatan tanah.  Mikroorganisme pembusuk mengakibatkan pembusukan bahan organik di dalam tanah dan menghasilkan panas, gas busuk dan zat-zat pembusukan, sehingga tanah menjadi kurang sehat dan mengundang berkembangnya penyakit tanaman.

Mikroorganisme sintetik dan fermentasi bekerja menyuburkan dan menyehatkan tanah, melalui penggabungan(sintetik)  senyawa beracun menjadi tidak beracun, pengurangan senyawa beracun karena digunakan sebagai senyawa metabolisme untuk kehidupan mikroorganisme sintetik,  melarutkan/ menangkap senyawa yang bermanfaat bagi pertumbuhan tanaman.  Mikroorganisme fermentasi bekerja dengan cara memfermentasi bahan organik di dalam tanah yang menghasilkan senyawa hasil fermetasi, seperti gula, alkohol dan asam amino, yang sangat berguna untuk pertumbuhan tanaman.

Mikroorganisme sintetik fermentasi juga berfungsi untuk meningkatkan populasi mikroorganisme yang menguntungkan tanaman di dalam tanah.  Sebaliknya mikroorganisme pembusuk bisa meningkatkan populasi mikroorganisme pembusuk lainnya di dalam tanah, sehingga kesehatan tanah menjadi menurun.  Pemberian pupuk organik fermentasi (bokashi) dapat menyuburkan tanah dan meningkatkan populasi mikroorganisme sintetik dan fermentasi di dalam tanah.

Budidaya tanaman monokultur (tanaman sejenis) dan penanaman terus menerus (continuous cropping) mengakibatkan  perkembangan mikroflora (mikroorganisme) di perakaran tanaman/ tanah menjadi sejenis dan cenderung menjadi mikroflora penyakit tanaman.  Kegagalan panen akibatpenyakit tanaman dari budidaya monokultur dan penanaman terus menerus bisa dihindari dengan menggunakan mikroorganisme sintetik dan fermentasi, yang bekerja dengan cara menekan perkembangan mikroorganisme penyakit di dalam tanah.  Pemberian bahan organik fermentasi Effective Microorganisme  mampu mengendalikan mikroorganisme sintetik dan fermentasi menjadi dominan di dalam tanah, sehingga tanah menjadi sehat dan subur.