Peternakan dalam skala besar menghasilkan limbah bau yang merusak/ mengganggu lingkungan. Limbah bau tersebut berasal dari kotorannya (cair dan padat) , sisa-sisa makanan dan air pencucian yang menumpuk lebih banyak daripada penguraiannya, sehingga bakteri pembusuk di dalam kotoran menjadi dominan, dan pembusukan kotoran menghasilkan gas-gas berbau busuk, seperti H2S, amoniak, senyawa indol, skatol, metil merkaptan, dll. Gas-gas berbau busuk tersebut karena mikroorganisme pembusuk (Escherichia coli, Microcococcus sp., Pseudomonas sp., dll) yang menguraikan limbah ternak melalui pembusukan. Bau busuk menyebabkan ternak menjadi setres, nafsu makan berkurang, imun tubuhn ternak menurun, produktivitas menurun, kematian ternak meningkat. Pembusukan kotoran ternak dapat diatasi dengan menyemprotkan probiotik ke tumpukan/ bak limbah ternak secara rutin, dan memberikan ternak minum probiotik, memberikan makanan ternak yang mengandung probiotik pada makanannya.
EM adalah probiotik cair untuk ternak (EM4 peternakan) yang mengandung Lactobacillus, ragi dan bakteri fotosintetik untuk memfermentasi limbah ternak padat dan cair, dengan menuangkan/ menyemprotkan larutan EM ke dalam tumpukan limbah/ bak limbah kotoran ternak. EM juga bisa disemprotkan ke dalam kandang dan ternak (saat memandikan ternak/ membersihkan kandang) dengan kelarutan 0,1% (1 liter EM ke dalam 1000 liter air). EM juga bisa diminumkan ke ternak dengan mencampurkan EM ke dalam minuman ternak, dengan kelarutan 0,1%. EM juga bisa disemprotkan ke dalam makanan ternak sebelum memberikannya makan.
Tumpukan kotoran ternak yang sudah diberikan perlakuan EM selanjutnya dikering anginkan untuk mengurangi kelembabannya dan disemprot/ disiram lagi dengan EM untuk meningkatkan populasi mikroorganisme fermentasinya. Kotoran ternak yang sudah agak kering bisa dijual atau digunakan sendiri untuk pupuk kandang. Kotoran ternak cair bisa dilarutkan ke dalam air (agar tidak terlalu kental, menjadi 1:100), kemudian disiramkan langsung ke tanaman.
Fungsi probiotik dalam peternakan adalah untuk mengurangi pembusukan limbah ternak, mengubah limbah ternak menjadi pupuk organik dan meningkatkan produktivitas ternak.