Air limbah yang keluar dari saluran pembuangan perpustakaan Gushikawa, Okinawa, ditampung dan diolah di dalam bak penampungan dengan EM.  Endapan air limbah tersebut disebut lumpur limbah (sewage sludge), jika tidak diolah dengan baik akan menimbulkan polusi dan bersifat racun.  Penelitian selanjutnya dilakukan dengan menggunakan lumpur limbah sebagai pupuk organik dengan menggunakan EM, yang dicobakan pada tanaman tomat di dalam pot.  Penelitian ini dilakukan oleh A. Okuda dan T. Higa.  Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana pengaruh perlakuan EM terhadap lumpur limbah untuk pupuk organik pada tanaman tomat.

Penelitian dilakukan dengan lima perlakuan penambahan lumpur limbah per pot, yaitu: penambahan 500 gram tanpa EM; penambahan 500 gram dengan EM; penambahan 1 kg tanpa EM, penambahan 1 kg dengan EM; dan kontrol, tanpa penambahan (tanah saja).  Parameter pertumbuhan tanaman yang diukur adalah: tinggi tanaman; jumlah daun per tanaman; dan berat basah daun per tanaman.  Hasil penelitian menunjukkan bahwa, pada perlakuan tanaman pada kontrol (tanah saja), tanaman tumbuh normal (lebih sehat) dibandingkan dengan perlakuan pada 500 gram dan 1 kg endapan lumpur.   Sebaliknya, dengan perlakuan endapan lumpur dan EM, tanaman menjadi lebih bagus pertumbuhannya.  Perlakuan yang paling bagus adalah pemberian 1 kg endapan lumpur dan EM (tinggi tanaman 32,7 cm; jumlah daun 9,4; dan berat basah daun 4,6 g). Dan pertumbuhan tanaman yang paling buruk adalah pada perlakuan 1 kg endapan lumpur tanpa EM (tinggi tanaman 11,6 cm; jumlah daun 5,1; berat basah daun 1,6 g).

Penelitian ini menyimpulkan bahwa perlakuan EM dapat meningkatkan kualitas air limbah dan limbah lumpur padat, dan limbah tersebut memiliki potensi untuk digunakan sebagai pupuk organik.