Air limbah di Perpustakaan Gushikawa, Okinawa, yang setiap hari dikunjungi oleh lebih dari 500 orang setiap hari kerja dan 100 orang setiap hari sabtu-minggu membuat air limbah dari toilet dan air pembuangan lainnya menimbulkan bau, polusi.  Usaha untuk mengurangi masalah polusi air tersebut dilakukan dengan memberikan perlakuan EM pada tangki penampungan limbah.

Di sana terdapat tiga tangki, yaitu tangki penampungan pertama, tangki perlakuan EM dan tangki terakhir yang mengumpulkan air limbah yang disaring.  Penelitian ini dlakukan oleh A. Okuda dan T Higa dengan mengambil sampel air limbah dari tempat penampungannya, yaitu air limbah tanpa perlakuan EM dan air limbah dengan perlakuan EM.  Parameter yang diuji adalah: Biological Oxygen Demand (BOD); Chemical Oxygen Demand (COD); Suspended Solid (SS), total kandungan Nitrogen dan  Phospat dalam air.  Semakin tinggi parameter yang diuji tersebut ditemukan pada air limbah berarti air tersebut dalam kondisi tercemar.   Pada penelitian selanjutnya dilakukan untuk mengetahui bagaimana pengaruh air limbah (dengan dan tanpa perlakuan EM ) terhadap pertumbuhan tanaman.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa  pH air pada tangki pertama (penampungan), kedua (perlakuan EM) dan ketiga (penyaringan) tidak berbeda, yaitu pH-nya berturut-turut: 7,63; 7,0; 7,08.  Parameter yang sangat berbeda adalah pada BOD, COD dan SS (dalam ukuran ppm) .  Perlakuan EM menurunkan BOD dari 104,5 menjadi 6,9 dan setelah air limbahnya disaring menjadi 1,8.  Perlakuan EM menurunkan COD dari 34,1 menjadi 27,0 dan setelah air limbahnya disaring menjadi 9.  Perlakuan EM menurunkan SS dari 91,08 menjadi 5,17 dan setelah airnya disaring menjadi 2,56.

Perlakuan EM juga menurunkan kandungan Nitrogen air dari 58,74 menjadi 21,11 dan setelah airnya disaring menjadi 6,89.  Perlakuan EM juga menurunkan kandungan phospat dari 17,86 menjadi 8,00 dan setelah airnya disaring menjadi 3,11.

Penelitian tersebut menyimpulkan bahwa perlakuan EM pada air limbah dapat meningkatkan kualitas air, menurunkan toksik (racun) yang ada di air limbah, yaitu parameter BOD, COD, SS, nitrogen dan phospat di dalam air limbah menjadi menurun.  Penyaringan air juga meningkatkan kualitas air limbah.