Teknik fermentasi bahan organik dari pupuk kandang, sampah dapur, pupuk hijau, endapan dari lumpur organik dari got/ saluran air, dilakukan dengan mencampurkan 5% EM4 dan 5% molas.  Larutan 5% artinya  1 liter EM4 dan 1 liter molas dimasukkan ke dalam 20 liter air, kemudian digunakan untuk menyiramkan campuran bahan organik.  Fermentasi bahan organik kering akan menghasilkan bokashi padat.  Fermentasi bahan organik basah yang direndam dalam larutan air akan menghasilkan bokashi cair.  Bokashi berarti pupuk fermentasi dengan Teknologi EM.   Fermentasi bahan organik dapat berlangsung selama 4-7 hari.  Bokashi padat dapat digunakan sebagai pupuk organik padat yang bisa ditanam ke dalam perakaran tanaman atau ke dalam pot, atau digunakan sebagai bahan organik penutup tanah.  Bokashi cair dilarutkan ke dalam air 2-3 kali lipat agar lebih encer, selanjutnya disiramkan ke akar tanaman.  EM4 sangat bermanfaat untuk starter membuat pupuk organik cair dan padat.  EM4 mengandung bakteri laktobacilus, ragi dan bakteri fotosintetik, sehingga fermentasi pupuk organik dapat dikendalikan dengan baik.