Pertanian organik bertujuan untuk menghasilkan produk-produk pertanian berkualitas, bebas dari pestisida dan zat-zat kimia buatan.  Untuk tujuan tersebut, pertanian organik dilakukan dengan menggunakan bahan organik (pupuk kandang dan sisa-sisa tanaman) yang difermentasi dengan Teknologi EM, yang dikenal dengan Bokashi.  Perkembangan pertanian organik dengan Teknologi EM sangat pesat sejak tahun 2010, mengingat akan kesadaran masyarakat yang ingin hidup sehat dengan mengkonsumsi produk-produk pertanian organik, dan kesadaran masyarakat akan kelestarian lingkungan.

Pertanian organik dengan Teknologi EM dipelopori oleh PT. Songgolangit Persada dengan produk EM4.  Pertanian organik dengan Teknologi EM didukung oleh EMRO Jepang dari segi kualitas produk dan pelatihan serta pendidikan Teknologi EM dilakukan oleh Yayasan IPSA.  Pelatihan Teknologi EM sebelumnya dilakukan di tempat/ kebun petani/ kelompok tani dan di Yayasan IPSA, dan sekarang sudah dilakukan pelatihan secara online dengan sistim webinar, yang dilakukan setiap bulan sekali.  Sosialisasi pertanian organik dengan Teknologi EM sangat penting dilakukan untuk menyebarkan penerapan pertanian organik secara lebih luas.  Sampai saat ini Indonesia tetap menjadi contoh sukses penerapan pertanian organik dengan Teknologi EM untuk sakala internasional.