Di dalam Teknologi EM terdapat mikroorganisme yang sangat berperanan penting untuk menguraikan zat/ senyawa polusi/ beracun di dalam tanah, yaitu Bakteri fotosintetik.  Bakteri fotosintetik menggunakan panas dari sinar mata hari sebagai sumber energi dan memanfaatkan senyawa beracun, gas berbau busuk sebagai bahan makanannya untuk diuraikan menjadi senyawa / zat yang tidak beracun.

Senyawa beracun yang tertinggal di dalam tanah, seperti H2S, Metil, mercaptan, zat radioaktif,  akibat polusi/ limbah dan pemberian zat-zat kimia dalam aktivitas pertanian, maka bakteri fotosintetik berperanan untuk menguraikan zat/ senyawa beracun tersebebut menjadi zat/ senyawa yang tidak beracun.  Dalam budidaya perikanan air tawar, penumpukan sisa-sisa makanan dan bangkai ikan/ udang dan kulit udang di tanah dasar kolam akan berbau busuk akibat bakteri pembusuk.  Bakteri fotosintetik berperanan dalam menetralkan zat/ senyawa beracun di dalam tanah dan air kolam.

Bakteri fotosintetik bekerja sama dengan ragi dan lactobacillus memfermentasi bahan organik dan menghasilkan  senyawa yang bermanfaat untuk pertumbuhan mikroorganisme yang menguntungkan lainnya di dalam ekosistem pertanian.  Senyawa yang bermanfaat tersebut meliputi enzim, asam organik, vitamin, asam amino, mikro nutrisi dan zat pemacu pertumbuhan tanaman, sehingga tanaman menjadi sehat dan mampu berproduksi tinggi.  Polusi lingkungan di dalam peternakan menghasilkan bau/ gas busuk bisa dimakan oleh bakteri fotosintetik.  Polusi lingkungan dalam kandang sangat mengganggu kesehatan dan kenyamanan ternak.  Bakteri fotosintetik sangat berperan penting dalam mengurangi polusi bau dan senyawa beracun di dalam tanah dan air akibat aktivitas pertanian dan aktivitas lainnya yang dilakukan oleh manusia.