Perikanan yang dimaksud dalam skala yang lebih kecil adalah perikanan air tawar dan air laut dengan membudidayaka ikan dalam kolam/ tambak/ akuarium untuk tujuan komersil produksi ikan, atau hobi.  Di alam ikan hidup di perairan sawah, kali, sungai, danau, situ, embung, payau, dan laut.  Ekosistem perikanan di alam sangat sempurna, saling membutuhkan dan memberikan energi, ada unsur tanah, mikroorganisme, tanaman, ikan, air, oksigen, CO2, mineral lainnya, serta sinar matahari.   Sebaliknya di ekosistem air kolam/ tambak/ akuarium, ekosistem yang ada di sana adalah ekosistem buatan, karena lngkungan yang terbatas, kepadatan populasi ikan yang tinggi, maka harus ada pasokan makanan, oksigen, penyaringan/ penjernihan air, dan mikroorganisme probiotik dari luar untuk menjaga kelangsungan hidup ikan.

Penumpukan sisa-sisa makanan, kotoran ikan ada di dasar kolam / tambak, sehingga terjadi pembusukan yang dapat menurunkan kualitas air tambak.  Oleh karena itu bantuan untuk mengurangi pembusukan dilakukan pada saat pengolahan tanah, tanah dasar tambak diambil bagian atasnya (tumpukan limbah makanan dan kotoran ikan), kemudian tanah dasar tambak dikeringkan oleh panas matahar>  Pengeringan ini bertujuan untuk mengurangi pembusukan bahan organik di dalam tanah, mematikan mikroorganisme parasit, penyakit dan predator, serta mengembalikan kesehatan tanah.  Pemberian pupuk fermentasi dan EM ke dalam tanah dasar tambak dapat meningkatkan probiotik, yang bertujuan untuk memfermentasi bahan organik, sehingga pembusukan menjadi berkurang.  EM4 mengandung Lactobacillus, ragi dan bakteri fotosintetik yang berfungsi untuk memfermentasi bahan organik menjadi senyawa-senyawa yang tidak merusak / meracuni ekosistim air, seperti gula, asam amino, alkohol yang berguna untuk pertumbuhan mikroorganisme yang mendukung pertumbuhan ikan.  Bakteri fotosintetik berguna untuk memakan senyawa-senyawa beracun seperti H2S, metil, merkaptan, amoniak, dll.  Probiotik EM4 juga bisa diteteskan beberapa tetes di air akuarium setiap minggu sekali. untuk menghidupkan/ meningkatkan populasi probiotik di dalam ekosistem akuarium.

Kualitas air sangatlah menentukan keberhasilan perikanan.  Kualitas air yang menurun/ memburuk akibat polusi dari dalam ekosistem (dari kotoran, makanan, sirkulasi air dan pasokan udara), serta dari luar ekosistem (air tercemar), mengakibatkan penurunan produksi, kesehatan ikan dan kegagalan perikanan.  Salah satu cara menjaga/ memelihara kualitas air perikanan adalah dengan memberikan probiotik EM4 ke dalam tanah daasar tambak, menyiramkan probiotik ke air tambak dan memberikan pakan yang telah disemprot/ dibasahi dengan probiotik.  Dengan cara demikian kualitas air bisa dijaga, dan kesehatan ikan bisa ditingkatkan.